매출 46% 늘었는데 순이익은 368억 적자? 그 갭의 진짜 정체는 '전환사채'였다
CRISPR 유전자가위 원천특허로 글로벌 24곳에 라이선싱, 매출 13억(+46.6%) 성장. 하지만 영업손실 233억에 순이익은 2024년 흑자→2025년 368억 적자 급전환. 파생상품 평가손익이 만든 착시, 파이프라인과 현금은 안정적이나 상장 전망 1% 미달·관리종목 유예 종료라는 시한도 존재.
이 회사의 사업보고서를 보면서 가장 먼저 든 생각은 이거예요. "매출이 46%나 늘었는데, 왜 순이익은 2024년 62억 흑자에서 2025년 368억 적자로 급전환한 거지?" 그런데 숫자를 하나씩 뜯어보니까 실상은 좀 다르더라고요. 핵심은 '전환사채 파생상품 평가손익'이라는 회계적 요인이었어요. 이게 없으면 영업손실은 2024년 218억 → 2025년 233억으로 완만하게 늘어난 수준에 불과해요. 툴젠은 CRISPR 유전자가위 원천특허를 가진 기술 회사고, 아직은 수익화 초기 단계예요. 현금 302억에 차입금은 0이라 당장 파산 위험은 없지만, 상장 전망을 1%도 달성하지 못한 점, 관리종목 유예가 2026년 12월에 끝난다는 점은 투자자가 반드시 알아둬야 할 포인트예요.
- 매출 13억 +46.6%, 영업손실 233억으로 적자 폭 자체는 +6.9% 늘어나는 데 그쳤어요. 그런데 순이익이 2024년 62억 흑자 → 2025년 368억 적자로 요동친 건, 전환사채 내재파생상품 평가손실 157.7억 때문이에요. 영업 외 손익이 순이익을 좌우하는 구조죠.
- 현금 302억, 차입금 제로, 부채비율 10.4% — 당장 재무 안정성은 확보됐어요. 2026년 1월엔 전환사채도 전액 전환 완료되면서 파생상품 리스크는 완전히 사라졌습니다.
- 상장 당시 제시한 2024년 예측 매출 1,402억 대비 실적은 9억 (괴리율 99.4%). 2026년 12월 기술성장기업 유예 종료 후 관리종목 지정 가능성이 있고, 미국·영국에서 특허 소송도 진행 중이에요.
Section 01 도대체 이 회사는 뭐로 돈을 버는 걸까
툴젠은 1999년 설립된 유전자 교정 전문 회사예요. 주력 기술은 CRISPR-Cas9 유전자가위고, 이 원천특허를 11개국에 등록해 놓고 있어요. 이 특허를 글로벌 제약·바이오·종자 기업에 라이선스(License)해 주는 게 주요 사업 모델이에요. 쉽게 말해, 유전자 교정 기술의 '저작권'을 가진 회사라고 보면 돼요.
수익 구조는 세 가지로 나뉘어요. 첫째, 계약 체결 시 받는 선수금(Upfront), 둘째, 개발 단계별로 받는 마일스톤(Milestone), 셋째, 제품이 실제로 팔리면 받는 경상기술료(Royalty)예요. 2025년 기준 전체 매출의 80.5%인 10.5억 원이 특허 라이선싱에서 나왔어요. 나머지는 유전자가위 관련 제품(0.8%), NGS·종자 분석 서비스(3.7%), 연구 용역 등(14.3%)으로 구성돼요.
매출의 76.7%는 해외에서 발생해요. 북미가 5.9억 원(44.9%)으로 가장 큰 시장이고, 유럽 1.2억 원, 아시아 등 3.0억 원 순이에요. 해외 매출이 많다 보니 환율 변동에도 영향을 받는데, 원화가 10% 오르면 법인세차감전손익이 약 3,127만 원 증가하는 수준이라 영향은 제한적이에요.
고객 의존도
상위 3개 고객사가 전체 매출의 47%를 차지해요. A사(16.3%), B사(21.8%), C사(8.9%)인데, 라이선스 계약은 24건이나 체결돼 있어서 특정 고객 이탈이 매출에 치명적이지는 않은 구조예요.
| 고객 | 매출(천원) | 비중 |
|---|---|---|
| A사 | 213,382 | 16.3% |
| B사 | 285,320 | 21.8% |
| C사 | 116,270 | 8.9% |
| 기타 | 691,473 | 52.9% |
Section 02 매출 46% 늘었는데 영업손실도 6.9% 늘었다
2025년 매출은 13.06억 원으로 전년 8.91억 원보다 +46.6% 증가했어요. 신규 라이선스 계약(오가노이드사이언스, 홉스바이오, 아비노젠, GenEditBio) 체결과 기존 계약의 로열티 증가가 주된 요인이에요. 그런데 판매비와관리비가 244.3억 원으로 +8.7% 늘면서 영업손실은 232.9억 원으로 소폭 확대됐어요.
영업손실이 늘어난 가장 큰 요인은 연구개발비예요. 2025년 연구개발비는 75.8억 원으로, 매출액 대비 580% 수준이에요. 아직 임상 단계에 진입한 파이프라인이 없고, IND 신청 준비 단계라서 R&D 비용이 매출을 크게 웃도는 구조는 당분간 이어질 가능성이 높아요.
그럼 순이익은 왜 이렇게 요동쳤을까요? 핵심은 내재파생상품 평가손익이에요. 2024년엔 이 항목이 +280.7억 이익으로 잡히면서 순이익이 62.3억 흑자로 전환됐어요. 그런데 2025년엔 반대로 -157.7억 손실이 발생하면서 순손실 367.6억으로 다시 적자에 빠졌죠. 이 평가손익은 실제 현금 흐름이 전혀 없는 회계적 요인이에요. 즉, 2024년 흑자는 '가짜'였고, 2025년 적자는 그 '가짜'가 사라진 결과예요.
2024년 흑자의 98%는 내재파생상품 평가이익(280.7억)에서 나왔어요. 실제 영업은 218억 적자였고요. 2025년엔 평가손실 157.7억이 발생하면서 순손실이 367.6억으로 확대됐죠. 이 평가손익은 주가가 오르면 부채가 늘고(손실), 주가가 내리면 부채가 줄어(이익)나는 역(逆)상관 구조예요. 투자자는 영업이익을 기준으로 회사의 본질을 봐야 합니다.
Section 03 현금 302억·차입금 제로, 파생상품 리스크는 2026년 1월에 완전 소멸
툴젠의 가장 큰 강점은 압도적인 재무 건전성이에요. 2025년 말 기준 현금성자산 94.8억, 단기금융상품 207.3억을 합쳐 총 302억의 유동성을 보유하고 있어요. 차입금은 전혀 없고, 부채비율은 10.4%에 불과해요. 유동비율은 745%나 돼요.
이런 현금 창고를 바탕으로 회사는 매년 75억 원 이상을 연구개발에 쏟아붓고 있어요. 영업적자가 지속되는 구조지만, 현금 소진 속도를 고려하면 최소 3~4년은 추가 버틸 수 있는 여력이 있다고 판단돼요.
게다가 2026년 1월, 제2회차 전환사채 잔액 6.5억 원(21,944주)이 전액 전환 완료됐어요. 이로 인해 내재파생상품부채 16억 원이 완전히 소멸됐죠. 2026년부터는 파생상품 평가손익이 순이익에 미치는 영향이 제로가 됐어요. 즉, 순이익의 착시 현상은 더 이상 발생하지 않는다는 뜻이에요.
Section 04 상장 전망 99% 빗나간 '기술성장기업'의 시한
툴젠은 2021년 코스닥 이전상장 당시 화려한 사업 계획을 제시했어요. 2023년 예측 매출 871억, 2024년 예측 매출 1,402억. 그런데 실제 실적은 각각 11억, 9억으로 괴리율이 98~99%에 달해요. 현실을 반영이 전혀 안 된 예측이었다고밖에 볼 수 없죠.
이 문제는 단순한 실망감을 넘어, 관리종목 지정 위험으로 이어져요. 툴젠은 기술성장기업으로 분류돼 매출액 30억 미만·적자 지속에 대한 관리종목 지정이 2026년 12월 31일까지 유예된 상태예요. 이 유예가 끝나도 같은 조건이면 관리종목으로 지정될 가능성이 있어요. 2025년 매출 13억, 영업손실 233억인 상황에서 유예 종료 후 조건을 충족할 가능성은 낮아 보여요.
관리종목 지정 유예 종료 — 2026년 12월 유예가 끝난 후에도 매출 30억 미만·적자 지속 시 관리종목으로 지정될 수 있습니다. 상장 당시 제시한 매출 전망을 1%도 달성하지 못한 점을 고려하면, 경영진의 전망 능력 자체에 대한 신뢰도 하락도 중요한 리스크예요.
특허 소송 우발채무 — 미국 CRISPR RNP 특허 침해 소송, 영국·네덜란드 지급보증(약 16억 원 상당)이 진행 중이에요. 소송 규모가 전체 현금의 5% 수준이라 파산 위험은 없지만, 패소 시 로열티 수입이 제한될 가능성은 있어요.
그래도 희망적인 신호는 있다
2025년엔 경영진이 대거 교체됐어요. CEO(유종상), CFO(하장협), CTO(이백승), 종자사업본부장(성동렬)을 외부에서 영입했어요. 연구개발 중심에서 사업화·재무 관리 중심으로 무게추를 옮기려는 의도로 읽혀요. 특히 GenEditBio와의 크로스 라이선스(LNP 전달체 기술) 계약은 치료제 개발에 속도를 붙일 수 있는 계기가 될 수 있어요.
파이프라인 중 가장 기대되는 건 GEB-200(심혈관 질환 Lp(a))이에요. 2026~2027년 FDA IND 신청을 목표로 하고 있고, 전임상 막바지 단계예요. 성공하면 첫 임상 단계 진입이니까, 기술의 진정한 가치를 평가받을 기회가 될 거예요. 종자 쪽에서는 가뭄내성 고추가 USDA 규제 면제를 받았고, 제초제내성 옥수수도 라인 확보 단계예요.
Best Case (낙관): 2026~27년 GEB-200 FDA IND 승인 → 기술 가치 재평가 → 추가 라이선스 계약 체결 → 마일스톤 수익 본격화. 관리종목 유예 종료 전에 매출 30억 돌파 가능.
Worst Case (비관): 특허 소송 패소 → 로열티 수입 제한 + 소송 비용 증가. GEB-200 IND 지연으로 파이프라인 모멘텀 상실. 2026년 유예 종료 후 관리종목 지정 → 신규 투자 유치 어려움.
툴젠은 CRISPR 원천특허라는 확실한 IP를 가졌지만, 아직 'IP 팩토리'에서 '수익 팩토리'로 전환하는 중간 단계예요. 영업이익은 3년 연속 200억 안팎의 적자, 상장 전망은 99% 빗나갔고, 관리종목 유예는 2026년 12월에 끝나요. 하지만 현금 302억 + 차입금 0 + 파생상품 리스크 소멸은 회사에 시간을 벌어주는 안전판이에요. 주가는 2025년 9~11월 67% 급등했다가 12월 18% 하락했는데, 이 변동성은 '새 CEO·새 파이프라인'에 대한 기대와 '아직 검증되지 않은 수익화 능력' 사이의 줄타기라고 볼 수 있어요. 투자자는 영업이익 추세와 파이프라인 임상 진입 여부에 집중해야 합니다.
